Fondée en 2002, l’interprofession de la damassine est née de la fusion de l’Association des producteurs de fruits d’Ajoie et de l’association Fruits du Jura, Les deux associations ont fusionné également leurs projets de cahier des charges, et une demande d’enregistrement commune d’une AOP damassine a été déposée le 7 juillet 2002.
Selon ce cahier des charges, l’eau-de-vie de damassine doit être exclusivement produite dans le Canton du Jura avec des fruits du canton produits en respectant scrupuleusement le cahier des charges.
L’Office fédéral de l’agriculture a accepté la demande d’AOP en juin 2005, mais un producteur extérieur au canton a contesté cette décision devant le Tribunal administratif fédéral, puis devant le Tribunal fédéral. Ce dernier a donné gain de cause aux producteurs jurassiens le 10 février 2010. Depuis lors, seule l’eau-de-vie produite exclusivement dans le Canton du Jura et respectant scrupuleusement le cahier des charges de l’interprofession peut utiliser la dénomination Damassine.